Arachnet SNOMED CT modul je pouhou modifikací skriptů společnosti West Coast Informatics, Inc., přičemž tyto původní skripty jsou upraveny tak, aby je bylo možné použít pro Oracle ADB (Autonomous Database) on OCI (Oracle Cloud Infrastructure).

Arachnet SNOMED CT modul lze použít pro zautomatizování tvorby databáze a její naplnění daty systému klinické terminologie SNOMED CT Int (mezinárodní verze). Konkrétně je náš modul určen pro Oracle ADB. Tato databáze může pak sloužit jako základ aplikací pro medicínskou praxi, případně pro využití vývojáři v lékařských zařízeních, používajících SNOMED CT, nebo vývojáři obecně.

Databáze může být základem pro aplikace, které umožní tyto data prohlížet v přívětivém uživatelském rozhraní.

Nad touto databází mohou být také budované referenční sady pro případný překlad terminologie do jiných jazyků (v našem případě do češtiny) nebo pro vytváření referenčních sad systému SNOMED CT, které mohou sloužit pro některé odborné oblasti a jejich speciální požadavky. West Coast

1.Níže na této stránce si stáhněte náš Modul Arachnet SNOMED CT a stažený ZIP soubor rozbalte. Aktuální verze zpracovává data z distribučních souborů vydaných organizací SNOMED International k 1. srpnu 2024.

Podadresář rf2 rozbaleného ZIP souboru Modulu Arachnet SNOMED CT by měl obsahovat tyto soubory:

2. Pokud jste již získali licenci ke stažení dat od ÚZIS ČR, stáhněte si distribuční soubory s aktuálními daty, které organizace SNOMED International aktuálně vydala (v době psaní tohoto článku je to k 1. srpnu 2024).

3. Po rozbalení souboru SNOMED CT SnomedCT_InternationalRF2_PRODUCTION_20240801T120000Z.zip zkopírujte do adresáře rf2 celý adresář Snapshot z tohoto adresáře.

4. Otevřete v textovém editoru soubor populate_oracle_adb_sqlcl.sh z adresáře rf2 a upravte popsané parametry dle vašeho lokálního nastavení.

Pokud nemáte vytvořeného Oracle uživatele a schému pro SNOMED CT databázi, můžete je vytvořit spuštěním souboru create_schema.sql.

• Ujistěte se, že jste v adresáři rf2.
• Spusťte Oracle SQLcl

$ < PATH_TO_YOUR_SQLCL> /sqlcl/bin/sql admin/ < YOUR_ADMIN_PASSWORD > @ < YOUR_DB_SERVICE >

Nyní napište do promptu:

sql> @create_schema.sql

• Hotovo, můžete z Oracle SQLcl odejít, např. příkazem exit;
• Otevřete shell a to konkrétně BASH. Na Linux systémech by měl tento shell být součástí systému, na Mac OS a na Windows musí být nainstalován dodatečně.
• Soubor spustíte tím, že napíšete následující:

$ ./populate_oracle_adb_sqlcl.sh

Důležité: musíte být v adresáři rf2, kde se soubor nachází.

• Pokud se soubor nespustí, zkuste změnit jeho práva tak, aby jej bylo možné spustit, t.j. napište příkaz

$ chmod 755 populate_oracle_adb_sqlcl.sh

.

5. Celý proces může podle rychlosti Vašeho připojení a zatížení serveru i klienta trvat i několik desítek minut.
Proces startuje tím, že se na obrazovce vypíše: See oracle.log for output"

Po tom, co proběhne celý proces, otevřete si soubor oracle.log v adresáři rf2.

• Pokud je na konci logu napsána věta There were one or more errors, proces nebyl zdárně dokončen.
  Můžete projít celý soubor oracle.log a zkusit nalézt, kde konkrétně se chyba/chyby vyskytla /vyskytly.
  Nebo můžete tento soubor zaslat na adresu arachnet@maserna.org a můžeme se případně dohodnout na zdárném vyřešení problému.
• Pokud je na konci logu napsána věta Completed without errors , proces by měl být dokončen, databáze na Vašem serveru by měla být vytvořena a naplněna.

V staženém modulu v základním adresáři najdete soubor howto.txt, kde najdete další rady, např. nastavení vašeho SQLcl klienta. Pokud by jste v tomto návodu ani v howto.txt nenašli řešení, můžete se obrátit na adresu arachnet@maserna.org.