Arachnet SNOMED CT modul je len modifikáciou skriptov spoločnosti West Coast Informatics, Inc., a to modifikáciou, ktorá skripty pozmenila tak, aby ich bolo možno použiť pre Oracle ADB (Autonomous Database) on OCI (Oracle Cloud Infrastructure).

Arachnet SNOMED CT modul je možno použiť pre zautomatizovanie tvorby databáze a jej naplnenie dátami systému klinickej terminológie SNOMED CT Int (medzinárodná verzia). Konkrétne je náš modul určený pre Oracle ADB. Táto databáza môže slúžiť ako základ aplikácií pre medicínsku prax, prípadne pre využitie vývojármi v lekárských zariadeniach, ktorí používajú SNOMED CT, alebo vývojármi všeobecne.

Databáza môže byť základom pre aplikácie, ktoré umožnia tieto dáta prehliadať v priateľskom užívateľskom rozhraní.

Nad touto databázou môžu byť tiež budované referenčné sady pre prípadný preklad terminológie do iných jazykov (v našom prípade do slovenčiny) alebo pre tvorbu referenčných sád systému SNOMED CT, ktoré môžu slúžiť pre niektoré odborné oblasti a ich špeciálne požiadavky.

1.Nižšie na tejto stránke si stiahnite náš Modul Arachnet SNOMED CT a stiahnutý ZIP sbor rozbalte. Aktuálná verzia spracovává dáta z distribučných súborov vydaných organizáciou SNOMED International k 1. augustu 2024.

Podadresár rf2 rozbaleného ZIP súboru Modulu Arachnet SNOMED CT by mal obsahovať tieto súbory:

2. Ak ste už získali licenciu k stiahnutiu dát od NCZI, stiahnite si distribučné súbory s aktuálnymi dátami, ktoré organizácia SNOMED International vydala (v dobe písania tohoto článku je to k 1. augustu 2024).

3. Rozbalte súbor SNOMED CT SnomedCT_InternationalRF2_PRODUCTION_20240801T120000Z.zip . Skopírujte do adresára rf2 modulu Arachnet SNOMED CT celý adresár Snapshot z práve rozbaleného súboru s dátami.

4. V textovom editore otvorte súbor populate_oracle_adb_sqlcl.sh z adresára rf2 a upravte popísané parametre podľa vašeho lokálneho nastaveniea.

Pokiaľ nemáte vytvoreného Oracle užívateľa a schému pre SNOMED CT databázu, môžete ich vytvořiť spustením súboru create_schema.sql.

• Uistite sa, že ste v adresári rf2.
• Spusťte Oracle SQLcl

$ < PATH_TO_YOUR_SQLCL> /sqlcl/bin/sql admin/ < YOUR_ADMIN_PASSWORD > @ < YOUR_DB_SERVICE >

Teraz do promptu napíšte:

sql> @create_schema.sql

• Hotovo, môžete z Oracle SQLcl odísť,napr. príkazom exit;
• Otvorte shell a to konkrétne BASH. Na Linux systémoch by mal tento shell byť súčasťou systému, na Mac OS a na Windows musí byť nainštalovaný dodatočne.
• Súbor spustíte tým, že napíšete:

$ ./populate_oracle_adb_sqlcl.sh

Dôležité: musíte byť v adresári rf2, kde sa súbor nachádza.

• Ak sa súbornespustí, skúste zmeniť jeho práva tak, aby ho bolo možné spustiť, t.j. napíšte príkaz

$ chmod 755 populate_oracle_adb_sqlcl.sh

.

5. Celý proces može podľa zaťaženia vašeho serveru a podľa rýchlosti vašeho pripojenia trvať aj niekoľko desiatok minút.
Proces štartuje tým, že sa na obrazovke vypíše: See oracle.log for output"

Po tom, čo celý proces prebehne, otvorte si súbor oracle.log v adresári rf2.

• Ak je na konci logu veta There were one or more errors, proces nebol dokončený úspešne..
  Môžete prjsť celý súbor oracle.log a skúsiť nájsť, kde konkrétne sa nachádza/nachádzajú chyba/chyby.
  Alebo môžete tento súbor zaslat na adresu arachnet@maserna.org a môžeme sa prípadne dohodnúť na úspešnom vyriešení problému.
• Ak je na konci logu veta Completed without errors , proces by mal byť dokončený, databáza na Vašom serveri by mala byť vytvorená a naplnená.

V stiahnutom moduli Arachnet SNOMED CT v základnom adresári nájdete súbor howto.txt, kde nájdete ďalšie rady, napr. nastavenie vášho SQLcl klienta. Pokiaľ by ste v tomto návode ani v howto.txt nenašli riešenie, môžete sa obrátiť na adresu arachnet@maserna.org.